В период с 4 января 1949 года по март 1978 года была официально организована Кокчетавская областная ветеринарная бактериологическая лаборатория, ставшая историческим фундаментом для современного филиала.
1980–1990-е гг.
Учреждение проходило через ряд структурных изменений и переименований (от областной ветеринарной лаборатории МСХ до областных ведомственных подразделений), постепенно расширяя диапазон диагностических исследований сельскохозяйственных животных.
2001–2005 гг.
Филиал вошел в состав Центральной ветеринарной лаборатории МСХ РК, а затем был преобразован в областной филиал вновь созданного предприятия РГП на ПХВ «Республиканская ветеринарная лаборатория». В этот период формируется прочная материально-техническая база и сеть районных подразделений.
2009–2012 гг.
На основании Постановления Правительства РК от 21 ноября 2009 года № 1908 филиал окончательно закреплен в текущем правовом статусе в составе единой республиканской сети. В 2012 году учреждение разместилось в трехэтажном специализированном здании, оснащенном системами круглосуточной охраны, контроля доступа и видеонаблюдения.
2010-е гг.
Активное оснащение лабораторий передовым оборудованием. В практическую деятельность были внедрены высокоточные методы диагностики: полимеразная цепная реакция (ПЦР), иммуноферментный анализ (ИФА), а также углубленные бактериологические и вирусологические исследования.
2021–2024 гг.
Укрепление кадрового состава (более 90% сотрудников имеют высшее профильное образование). Развитие сети районных ветеринарно-санитарных экспертных лабораторий и мобильных комплексов для выездной экспертизы на ярмарках. Сотрудники проходят зарубежные стажировки (включая программу «Болашақ») и получают ведомственные награды МСХ РК.
2025 год
В сентябре Национальным центром аккредитации (НЦА) проведена процедура оценки, и 11 декабря 2025 года получен новый Аттестат аккредитации на соответствие стандарту ГОСТ ISO/IEC 17025-2019. Зафиксирован значительный рост показателей: объем платных диагностических услуг увеличился на 54%, а доходов от контроля безопасности пищевой продукции — на 9,8% по сравнению с предыдущим годом. Проводились торжественные проводы ветеранов труда отрасли (в частности, Зауреш Толегеновны Искаковой).
Настоящее время
Коллектив численностью 76,5 штатных единиц осуществляет лабораторное сопровождение противоэпизоотических мероприятий, мониторинг особо опасных болезней и контроль качества сырья в Кокшетау, Степногорске и 10 районах Акмолинской области, гарантируя надежную защиту эпизоотического благополучия региона.